김문환 총장은 2006년 3월 7일 사단법인 한국대학총장협회(이사장 李大淳) 이사회에서 제 6대 회장에 선임되었다.

한국대학총장협회는 1995년 2월 발족된 이래 현재 전국의 전·현직 대학총장 400여 명이 회원으로 참여하고 있으며, 사회의 도덕규범과 윤리관 정립을 위해 중립적인 위치에서 교육 갈등의 중재자로 활동하는 것을 목표로 하고 있다. 회장은 이사회에서 선출하며 임기는 1년이다.

역대 회장으로는 제 5대 회장 안병만(安秉萬) 전 한국외대 총장을 비롯하여 박재규(朴在圭·전 통일부 장관) 경남대 총장, 이대순(李大淳) 전 경원대 총장, 송석구(宋錫球) 전 동국대 총장, 선우중호(鮮于仲皓) 전 서울대 총장 등이 한국대학총장협회의 회장을 역임했다.